撰文 | 王聪 编辑 | 王多鱼 排版 | 水成文 

2022年8月1日，碱基编辑公司 Beam Therapeutics 宣布其BEAM-201的IND申请被FDA暂停。在一个月后，Beam公司披露了FDA作出这一决定的更多信息。 日前，FDA正式向Beam公司发送了临床暂停的信函，FDA要求Beam公司进一步提供： 1、来自基因组重排评估的额外对照数据； 2、对某些脱靶编辑实验的进一步分析 3、细胞因子非依赖性生长试验的额外对照数据； 4、更新的研究者手册，其中包括有关任何新的非临床研究的信息。 

从上述要求来看，FDA对 BEAM-201 疗法的担忧是多么方面的，其中包括了对Beam公司的碱基编辑技术本身的潜在风险和脱靶性的担忧。而Beam公司将在今年第四季度完成所需的研究并提交完整答复。 除了要解决FDA提出的问题外，Beam公司还在报告中表示，需要进行比预期更多的基因编辑才能实现异体CAR-T细胞疗法。这也意味着Beam公司今年将不再推进其另一款CAR-T疗法进入临床。 

需要指出的是，虽然基于基因编辑的CAR-T细胞疗法受挫，但Beam公司仍将继续推动两款基因编辑疗法进入临床试验，分别是BEAM-101 （治疗镰状细胞病和β-地中海贫血） 和BEAM-102 （治疗镰状细胞病） 。 BEAM-201是Beam Therapeutics开发的基于胞嘧啶碱基编辑（Cytosine Base Editor，CBE）的针对CD7靶点的四重碱基编辑CAR-T细胞疗法，该疗法专为同种异体CAR-T细胞而设计。 今年6月份，该疗法向FDA提交了治疗复发或难治性T-ALL（急性T淋巴细胞白血病）和其他CD7阳性恶性肿瘤的治疗效果，这也是首个同时编辑了4个基因的CAR-T疗法。 

2017年10月，FDA批准了首款CAR-T细胞疗法上市，人类进入细胞治疗时代，CAR-T细胞疗法在血液类癌症中取得了很好的临床效果。 目前，已上市的几款CAR-T细胞疗法都是使用来自癌症患者自身的自体T细胞，自体细胞疗法的优势在于能够在患者体内长时间发挥作用，且不产生排异反应，但该方法也存在着许多局限性，自体细胞疗法耗时长，一些急性白血病患者没有足够时间等待，此外，许多严重患者本身没有足够的T细胞用于工程化改造。 因此，由健康捐赠者来源的T细胞构建的CAR-T可以避免上述问题，并可能开发出“现货型” CAR-T产品。但实际上，让身体“相信来自别人的细胞”并非易事，这需要对CAR-T细胞进行额外的修饰，以防止移植物抗宿主病 （GvHD） 以及身体对CAR-T细胞的排斥。 

目前已经有不少研究及一些临床试验使用CRISPR-Cas9基因编技术来构建同种异体的“现货型” CAR-T细胞。但其中一个需要特别注意的问题是，CRISPR-Cas9依赖于DNA双链断裂（DSB）来发挥基因编辑作用，这可能会导致许多意料之外的后果，从而影响这种方式生产的“现货型” CAR-T的实用性、安全性和获批。 

2022年5月16日，碱基编辑公司 Beam Therapeutics 与美国费城儿童医院合作，在血液学顶级期刊 Blood 发表了题为：Cytosine Base Editing Enables Quadruple-Edited Allogeneic CAR-T Cells for T-ALL 的研究论文。 该研究使用胞嘧啶碱基编辑（Cytosine Base Editing，CBE）构建了针对CD7靶点的四重碱基编辑CAR-T细胞——7CAR8，专为同种异体CAR-T细胞而设计。并在临床前动物模型中证实了7CAR8对复发或难治性T-ALL（急性T淋巴细胞白血病）和其他CD7阳性恶性肿瘤的治疗效果。 据悉，这也是首个同时编辑了4个基因的CAR-T疗法，目前这款疗法已进行IND申报，将在今年下半年开展人体临床试验。

碱基编辑（Base Editing）是由刘如谦（David Liu）等人开发并逐步扩展、完善的一种新兴基因编辑技术，碱基编辑能够在特定点以高精度和高效率对单个碱基对进行编辑，且不依赖DNA双链断裂（DSB），因此被认为相比于CRISPR-Cas9具有更高的安全性。 2018年，刘如谦、J. Keith Joung 和张锋等人联合创立了 Beam Therapeutics，致力于将碱基编辑技术应用于疾病治疗。该公司于2020年2月在纳斯达克上市。

为了确定基于碱基编辑的CAR-T在临床上是否可行，Beam Therapeutics 与费城儿童医院的癌症专家Caroline Diorio研究员合作，验证基于碱基编辑的现货型CD7-CAR-T细胞治疗复发或难治性急性T淋巴细胞白血病（T-ALL）的安全性和效果。 

该疗法使用的靶点为CD7，它在绝大多数T-ALL细胞（95%）中高表达，然而，健康 T 细胞同样也表达CD7，这就会导致CAR-T细胞在杀伤T-ALL的同时，也会自相残杀。 为了避免CAR-T细胞的自相残杀，Beam通过碱基编辑，敲除CAR-T细胞表面的CD7。同时敲除TRAC（T细胞受体α恒定区），清除T细胞表面受体，避免移植物抗宿主病（GvHD），敲除CD52，避免患者对CAR-T细胞的排异反应，还敲除了PD-1，提高CAR-T细胞抗肿瘤活性的持久性。从而成功构建了7CAR8。 实验结果显示，平均92.9%的T细胞在四个预期目标位点进行了碱基编辑，81.4%的在四个位点都进行碱基编辑的T表达了CAR结构。

与CRISPR-Cas9不同，胞嘧啶碱基编辑（CBE）没有影响T细胞增殖，也不会导致异常的DNA损伤反应通路激活或导致多重编辑后的细胞核型异常。 在多项体内和体外临床前研究中，研究团队观察到7CAR8高度活跃，对T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）非常有效，能够高效清除小鼠体内癌细胞并显著延长生存期。

总的来说，这些临床前研究显示，胞嘧啶碱基编辑（CBE）是一种很有前途的技术，基于CBE开发的四重编辑CAR-T细胞7CAR8，具有治疗复发或难治性急性T淋巴细胞白血病（T-ALL）潜力。该疗法还具有治疗其他CD7阳性恶性肿瘤的潜力，例如急性髓细胞白血病（AML）、T淋巴母细胞性淋巴瘤（TLBL）等。 这项研究也为开发“现货型 ”CAR-T疗法指明了方向。

Beam 研发管线 Beam 的研发管线可分为4类，分别是体外造血干细胞疗法、体外T细胞疗法、体内LNP疗法、AAV疗法。 体外造血干细胞疗法：共有2款，分别是治疗镰状细胞病和β-地中海贫血的BEAM-101，以及治疗镰状细胞病的BEAM-102。这两款疗法均已IND申报，其中BEAM-101已于近日完成了首个患者的临床给药。 

体外T细胞疗法：共有2款，分别是治疗急性T淋巴细胞白血病（T-ALL）和CD7阳性急性髓细胞白血病的BEAM-201，这是一款CD7靶点的多基因编辑的CAR-T疗法。以及一款未命名的治疗T细胞淋巴瘤的CD5靶点的多基因编辑的CAR-T疗法。 

体内LNP疗法：进展最快的是BEAM-301，已进行IND申报，该疗法是通过LNP将碱基编辑组分以mRNA形式递送到肝脏，修复导致糖原贮积病Ia型（GSDIa）的G6PC基因的R83C点突变。此外，还有与Apellis公司，以及与辉瑞公司合作开发的数款疗法。 

AAV疗法：治疗Stargardt病，这是一种单碱基突变导致的常染色体阴性遗传病，患者因会出现眼底黄色斑点，中心视力下降。

参考资料： https://beamtx.com/ https://doi.org/10.1182/blood.2022015825 https://www.sec.gov/ix?doc=/Archives/edgar/data/1745999/000095017022017868/beam-20220825.htm

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