NeoALTTO试验中，接受新辅助曲妥珠单抗联合拉帕替尼的HER2+早期乳腺癌患者的pCR是单靶治疗患者的近两倍。该试验表明pCR提高可转化为远期预后的改善。ERBB2、ESR1及免疫标记物的表达是pCR的主要决定因素（Fumaglli等人，2016年JAMA Oncol）。本研究的主要目的是探讨拷贝数异常（CNAs）与pCR和无事件生存率（EFS）的相关性。

纳入研究的271/455名患者的肿瘤标本足以进行DNA检测（利用CytoScan HD序列进行杂交）。利用多轨分割算法对log2比例强度及B等位基因频率统一分段。用GAP对总体拷贝数及主要等位基因数进行整数估算。GISTIC2检测重复CNAs。标准化的拷贝数中位绝对偏差值作为基因组的不稳定指数（GII）。肿瘤浸润淋巴结细胞（TILs）及基因表达的获取如前描述。Spearmen 相关性分析（ρ）检验不同参数间的相关性。Mann-Whitney检验描述二分类及计数资料。Cox比例风险模型进行EFS分析。

185名患者的肿瘤标本DNA检测可估算出CNAs，CNA分布与METABRIC和TCGA数据库中HER2+患者的类似。二倍体、三倍体、四倍体及以上变异的发生率分别为64%、26%及9%。非整倍体水平变化与pCR或EFS均无相关性。值得一提的是，ER+和ER-患者间CNA模式具有很多显著的差异性。TCGA（ρ=63%）和METABRIC（ρ=56%）数据库中HER2-的ER+和ER-患者间也存在这些差异。ERBB2扩增频率尽管低于ERBB2表达但却是高pCR的预测因素（p=0.0007），当校正ERBB2表达后，该相关性消失。pCR率随GII升高而升高（p=0.03）不依赖ERBB2扩增程度，特别是在ER+患者中（p=0.01）。GISTIC分析发现159个重复CNA区域。在6q23-24上两个区域的扩增提示高pCR率（p=0.00005和p=0.0087，FDR=0.006和0.05）。6q23-24上最具相关性的片段包含39个基因，其中一些基因的表达水平可预测pCR率（如MAP3K5，P=10-4）。基因本体分析显示与该片段相关的基因属于“对α-干扰素应答”的一类（p=4.3X10-7）。经过多次检验校正后仍未发现与EFS相关的扩增区域或基因。

ERBB2扩增是pCR的预测因素，ERBB2的表达更具预测意义。对于ER+亚组，基因组不稳定性高提示高pCR。值得注意的是，6号染色体上一个新的扩增区域是pCR的预测因素，有待进一步研究。

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