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最近,复旦大学以2篇Nature当选“月度之星”。而刚刚进入4月,这所顶尖大学就又有好消息传来!以人类为代表的高等生物,进化出复杂的基因表达调控机制,以适应对复杂生长发育过程的需要。转录起始过程发生在几万种不同基因的高度多样化的启动子区。它们是怎么调控转录起始过程的呢?这个问题一直是生命科学的重大前沿课题。
复旦大学生物医学研究院徐彦辉课题组对这一议题进行了长期研究,并于4月1日在Science上在线发表了研究长文《结构研究揭示转录前起始复合物识别启动子及动态组装机制》(“Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters”)。这篇论文并非偶然,徐彦辉课题组已在基因转录调控领域深耕多年,去年11月发表了1篇Science,今年3月,他们又发表了1篇Cell Research长文。下面我们一起看看这项最新成果吧~为实现复杂的基因表达调控,人体细胞中进化出以RNA聚合酶II(Pol II,以下简称聚合酶)为核心的转录前起始复合物(preinitiation complex,PIC),识别几乎所有编码基因和大部分非编码基因的启动子区,响应各种转录调控信号,起始基因转录。目前的分子生物学教科书中对转录起始模型是TBP特异性识别并弯曲含有TATA box的启动子(TATA box promoter),招募聚合酶并组装PIC启动转录。然而,有超过85%的人类基因启动子不含有TATA box,称为TATA-less启动子,并且几乎所有的基因转录过程都需要完整TFIID复合物,其功能并不能够被TBP所替代。
因此,尽管已有大量基于TBP的PIC复合物结构研究,包含TFIID的完整PIC是如何在不同类型启动子上进行组装的,一直没有得到阐明。对于超过85%以上基因,转录起始是如何发生的,是转录领域长期未能解决的难题。该项研究首次阐释了包含TFIID的完整转录前起始复合物(PIC)结构,揭示了PIC如何识别不同类型启动子并完成多步组装的完整动态过程。团队经过多年努力,利用冷冻电镜方法,解析了PIC组装过程中所有关键组装步骤和状态的复合物结构。为研究PIC对各种不同类型启动子的识别,研究人员在涵盖所有类型的启动子(三种)上,组装PIC复合物并进行了结构分析。25个复合物结构提供了PIC组装的不同阶段,不同功能状态,不同启动子类型的全覆盖结构信息。
▲PIC动态组装的模式图
1. TFIID含有多个DNA结合区,具有较高的序列包容度,可识别各种不同类型的基因启动子。2. 针对不同类型启动子,PIC通过两种方式将启动子推动至聚合酶催化中心上方准备转录,提出“双路径启动子推动”模型(two-track promoter deposition)。3. 处于Drive构象的完整PIC,为转录起始做好了两方面准备。这一发现还从分子层面颠覆了对TBP只结合TATA box的传统看法,很好解释了PIC组装和基因转录为何可发生在几乎所有基因的启动子上。该项工作是近年来转录领域的重要突破,在分子水平上展示了高度动态的转录起始过程,为后续研究基因表达调控奠定了理论基础。论文链接:10.1126/science.aba8490
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