ITT和PP对于中途违背研究方案的受试者处理原则是不同的。下面我们举个例子：

现有某药物，其疗效好，但不良反应大。进行该药物的RCT研究：A组为试验药物组，B组为安慰剂组。A组由于药物不良反应大，中途退出者多(疗效尚未显现)。

ITT：A组的中途退出者(疗效尚未显现)也纳入分析，稀释了A组真实的疗效，如此便低估了药物疗效。

PP：仅对完整执行研究方案的受试者进行分析，剔除了中途退出者，因而可能会夸大药物疗效。

由此可见，由于临床试验分析时有不同的统计分析集可供选择，而选择不同分析集将可能使分析结果不一致：其中，ITT通常会使两组间差异不那么容易被发现，分析结果通常较为保守;PP则通常会夸大两组间的差异。不同类型的临床试验应选用各自适宜的分析方法。如优效性试验(为了检验试验药物疗效是否优于对照药物)中，为了避免对疗效的夸大估计，通常选择全分析集进行分析。又如在验证性试验时，应该同时做ITT和PP两种分析，得到一致的结果则认为该试验较为可靠。