提取FFPE肿瘤组织的DNA，构建全基因组文库，采用Illumina HiSeq 4000平台进行测序。对324个测序基因数据进行分析，旨在发现碱基置换、插入或缺失、拷贝数变异、基因重排、微卫星不稳定性（MSI）和肿瘤突变负荷（TMB）。

图1. FoundationOne CDx（F1CDx）分析流程

对F1CDx与单基因伴随诊断进行非劣效性验证，单基因伴随诊断包括EGFR cobas检测、BRAF突变检测、FISH和IHC检测ALK重排、FISH法检测ERBB2扩增和其他。评估两个检测方法的阳性一致性（PPA）和阴性一致性（NPA），总结见下表1。

表1. 对FDA获批的F1CDx采用单基因伴随诊断进行临床验证

备注：1. BRAF V600K和V600E二核苷酸检测的敏感性在cobas 检测中显著更低，尤其是在F1CDx可以检测MAF最低40%的二核苷酸变异时，因此导致两种检测方法之间NPA值较低。

下表2显示了F1CDx检测所有基因变异形式的分析敏感性（LoD）。

表2. F1CDx检测所有基因变异形式的分析敏感性（LoD）

表3. F1CDx的分析精准性

86例标本同时接受了F1CDx和全外显子检测，其中全外显子检测覆盖的编码外显子大小为34.7Mb。

表4. 以TMB 10 mut/Mb作为cutoff值，F1CDx与全外显子测序的分析一致性

图2. F1CDx TMB评分与全外显子测序TMB评分的分析一致性

接受F1CDx临床检测的患者，57%属于有CDx的肿瘤，其中NSCLC最常见，占24%，不同瘤种占比分布见下图3。不同瘤种患者中，拥有CDx变异的患者比例分布为：NSCLC（15.6%）、乳腺癌（9.2%）、结肠癌（53.6%）、黑色素瘤（19.3%）、卵巢癌（21.1%）。在结肠癌患者中，46.4%携带CDx变异的患者适合接受治疗。在乳腺癌患者中，CDx变异患者比例较低的原因可能是患者接受了FISH或IHC检测，因此未送检F1CDx检测。

图3. (a)接受F1CDx检测的肿瘤类型分类；

（b)CDx阳性的患者数量

在所有瘤种的变异基因中，最常见的为TP53和CDKN2A变异，KRAS和APC变异在结直肠癌中更常见，见图4A；对MSI-H的24例患者进行单独分析，10例为结直肠癌，3例为子宫内膜癌。

图4. 所有瘤种的常见变异基因分布

大多数治疗中，TMB为3-4 mut/Mb，仅少数患者为高TMB，不同患者的TMB评分分布见下图5A；CDx阳性的不同瘤种患者的TMB评分分布见下图B。相比于CDx阳性的患者，仅在NSCLC患者中观察到CDx阴性患者的TMB显著更高。

图5. (a)所有患者中的TMB分布；

(b) CDx阳性的不同瘤种患者的TMB评分

Foundation Medicine研发了第一个基于NGS的全面伴随诊断检测平台——F1CDx，在实体瘤中进行了广泛的临床和分析性验证，并获得FDA批准用于伴随诊断。F1CDx平台目前已经在5个瘤种，8个伴随诊断适应症，包含17个靶向药物的伴随诊断方法中进行了临床验证。F1CDx在不同瘤种中的分析性平台已经建立。此外，研究还发现采用F1CDx检测和全外显子检测的TMB评分高度相关。最初验证的1338例临床患者覆盖不同的疾病类型，包含不同的CDx变异形式，以及MSI-H和TMB高的患者，这一研究证实F1CDx检测结果可以指导患者治疗。

               

黄媚娟

教授

博士、博导
华西医院胸部肿瘤科副主任
四川省肿瘤学会副理事长
四川省肿瘤学会肺癌专委会主任委员
中国医药生物技术协会纳米技术分会常务委员
CSCO（中国临床肿瘤协会）中青年委员会委员
CSCO 非小细胞肺癌专委会委员
四川省靶向治疗专委会常委
四川省免疫学会肿瘤免疫专业委员
IASLC（国际肺癌协作组）成员
国家自然基金评审专家，科技部评审专家

肺癌靶向治疗已经走过10余年历程，临床应用已经非常成熟了，随着越来越多治疗靶点的发现和靶向治疗药物的应用，我们已经走进精准肿瘤治疗时代。靶向治疗，顾名思义需要有精准的靶点，即携带某种基因变异的肿瘤患者才能接受这类治疗。目前获批的靶向治疗药物，在获得FDA批准上市时，通常都同时获批了相应的伴随诊断平台，如EGFR突变的Cobas检测、ALK重排的FISH分离探针等。但随着越来越多治疗靶点的发现以及靶向药物的应用，传统的单基因检测模式已经不能很好地满足临床需求，国内外指南均推荐应用多基因检测平台，同时覆盖多个已经获批的伴随诊断，从而实现高效检测。F1CDx是FDA和CMS批准的首个经过临床验证的NGS伴随诊断（CDx），这一平台在获批之前经过了严格的临床和分析性验证，证实了F1CDx平台的检测效能，可以作为临床多基因检测的首选之一。