2022-05-20 来源 : 药学前沿进展
文献检索网站
基因组、蛋白质组数据库
蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站
生信分析工具网站
NovoPro(集大成的在线工具)
化学小分子药物数据库
专利下载数据库
新药研发常用数据库及网站
01文献检索网站
1、PubMed(很常用)
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
2、Sci-hub(一些收费的文献,可以尝试在这里免费下载)
https://sci-hub.se/
3、Google Scholar(搜索能力很强,但有使用门槛)
https://scholar.google.com/
4、Xmol(搜索界面很友好,可按影响因子及年限搜索)
https://www.x-mol.com/
5、必应(Google Scholar用不了时用它)
https://cn.bing.com/
6、web of science(文献搜索利器)
https://www.webofscience.com/
02 基因组、蛋白质组数据库
1、Uniprot(蛋白质的各种数据,很全很详细)
https://www.uniprot.org/
2、PDB(蛋白质晶体数据,应有尽有)
https://www.rcsb.org/
3、KEGG(基因组、信号通路等信息)
https://www.genome.jp/kegg/
4、Genecards(基因数据库)
https://www.genecards.org/
5、Gene Ontology(基因、信号通路)
http://geneontology.org/
03 蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站
1、NCBI Blast(常用)
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
2、Clustal Omega(好用)
蛋白序列、DNA序列比对。
https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/
多序列比对
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
3、Primerbank
有很多被验证过好用的qPCR引物(人和小鼠基因)。
https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
4、Broad sgRNA Database(已验证的sgRNA库)
哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所设计的已验证过的gRNA数据库,方便查询。
https://www.genscript.com/gRNA-database.html
5、CHOPCHOP(sgRNA在线设计)
http://chopchop.cbu.uib.no/
6、CRISPick(sgRNA在线设计、及查询)
哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所提供的工具。
https://portals.broadinstitute.org/gppx/crispick/public
7、Addgene(质粒序列数据库)
https://www.addgene.org/
8、Snapgene(质粒序列数据库)
https://www.snapgene.com/
04 生信分析工具网站
1、GEPIA(基因表达分析)
由北京大学的团队开发的基因表达分析网站,可做TCGA+GTEx数据分析等。
http://gepia.cancer-pku.cn/
2、R2(生信分析工具)
https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi
3、Kaplan-Meier Plotter
对多种肿瘤标志物进行大数据分析
https://kmplot.com/analysis/
4、Human Protein Atlas
用于人类蛋白质全基因组分析,包括组织、大脑、单细胞、亚细胞、免疫细胞、mRNA、代谢等数据。
https://www.proteinatlas.org/
05 NovoPro(集大成的在线工具)
https://www.novopro.cn/tools/
在线工具:
格式转化工具:
反向核酸序列互补转换
反向翻译
FASTA序列拼接
EMBL格式转换为FASTA
EMBL翻译后序列提取
EMBL序列特征提取
DNA序列过滤器
蛋白质序列过滤器
GenBank转换为FASTA
GenBank序列特征提取器
GenBank翻译提取器
单字母简写转换成三字母氨基酸
提取指定位置DNA序列
提取指定位置蛋白质序列
按密码子拆分DNA序列
FASTA拆分
三字母氨基酸转换成单字母缩写
从窗口提取DNA序列
从窗口提取蛋白序列
序列分析工具:
密码子点阵
密码子频率及频次计算工具
CpG岛预测
计算DNA分子量
DNA模式查找
DNA碱基统计
DNA模糊搜索
蛋白质模糊搜索
序列相似性计算
多条蛋白质序列反向翻译
DNA序列突变成内切酶位点
开放阅读框ORF查找
成对排列密码子
成对排列DNA
成对排列蛋白质
PCR引物性质计算
根据引物模拟PCR产物
蛋白平均疏水性计算
蛋白分子量计算
蛋白质模式搜索
蛋白氨基酸统计汇总
虚拟限制性内切酶酶切
酶切位点汇总
DNA序列翻译成氨基酸序列
06 化学小分子药物数据库
1、PubChem
含有机小分子生物活性数据、生环化材中应用分子的数据模型库,可搜索到目标化合物相关的专利及文献。
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
2、新版有机人名反应数据库(Organic Name Reactions)
非常全,包括人名反应的反应机理、参考文献。
https://www.drugfuture.com/Organic_Name_Reactions/index.html
3、药物合成数据库检索系统(Drug Preparation Database)
https://www.drugfuture.com/synth/synth_query.asp
3、化学物质索引数据库(Chemical Index Database)
含有大量具药理活性及生物活性的化学物质信息数据
https://www.drugfuture.com/chemdata/index.aspx
5、ChemBlink
来自全球的化学物质在线数据库
https://www.chemblink.com/
6、化学物质毒性数据库(Chemical Toxicity Database)
收载约15万个化合物的有关毒理方面的数据,如急性毒性、长期毒性、遗传毒性、致癌与生殖毒性及刺激性数据等。
https://www.drugfuture.com/toxic/
7、药学数据库(MedPeer Drugs Database)
来自美国、欧盟、日本、加拿大等国家权威数据信息,药物、疾病、靶点数据。
https://pharmacy.medpeer.cn/
8、药物信息网(非常全)
提供超过 24,000 种处方药和非处方药的详细和准确信息。
https://www.drugs.com/
07 专利下载数据库
1、美国FDA药品专利数据库(U.S. FDA Drugs Patent Database)
https://www.drugfuture.com/fda/drugpatent.aspx
2、中国专利全文下载
https://www.drugfuture.com/cnpat/cn_patent.asp
3、美国专利全文下载
https://www.drugfuture.com/uspat/us_patent.asp
4、欧洲专利全文下载
https://www.drugfuture.com/eppat/patent.asp
5、Soopat专利搜索
http://www.soopat.com/
6、Patsnap智慧芽全球专利数据库(有的需要收费)
https://www.zhihuiya.com/products.html
08 新药研发常用数据库及网站
1、美国FDA药品数据库(U.S. FDA Drugs Database)
https://www.drugfuture.com/fda/
2、中国药品注册数据库(Chinese Marketed Drugs Database)
https://www.drugfuture.com/cndrug/
3、美国FDA批准药物非活性成分数据库(Inactive Ingredient Search for Approved Drug Products)
含有FDA上市产品中包含的辅料信息数据。
https://www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx
4、FDA药品注册法规
https://www.registrarcorp.com/
5、Drugbank Online(临床试验数据库)
https://go.drugbank.com/
6、药用辅料手册(Handbook of Pharmaceutical Excipients)
最权威的制剂辅料专著!
https://www.drugfuture.com/excipients/browser.html
7、药品标准查询数据库(Drug Standard Database)
https://www.drugfuture.com/standard/index.html
8、ICH指南(国际人用药品注册技术协调会)
https://www.ich.org/
9、美国药典在线
https://www.drugfuture.com/Pharmacopoeia/usp32/
10、美国药典委员会USP
https://www.usp.org/
11、欧洲药典委员会EDQM
https://www.edqm.eu/en/home
12、国家药典委员会
https://www.chp.org.cn/
13、美国药品监督管理局FDA
https://www.fda.gov/
14、欧洲药品监督管理局EMA
https://www.ema.europa.eu/en
15、国家药品监督管理局NMPA
https://www.nmpa.gov.cn/
16、国家药品监督管理局药品审评中心CDE
https://www.cde.org.cn/
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