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通过真实世界临床基因数据库,探寻免疫治疗敏感或耐药的分子特征

临床医学

1970-01-01      

2354 0
整理:肿瘤资讯
来源:肿瘤资讯

靶向PD-1/PD-L1通路的免疫检查点抑制剂的应用,引领了晚期NSCLC治疗的变革,然而,免疫治疗的最优获益人群及耐药人群特征尚不可知。随着对肿瘤基因组学认识的深入发现,一些基因变异可能影响免疫治疗的疗效。因此,来自Foundation Medicine Inc.(简称FMI)的Karthikeyan Murugesan博士通过对真实世界临床基因数据库中的数据进行挖掘,对晚期NSCLC免疫治疗敏感或耐药的疗效相关分子标志物进行了初步探寻。

方法

研究共分为2个队列,分别为FMI队列和CGDB(真实世界临床基因数据库,Real-World Clinico-Genomic Database,图1)队列。其中FMI队列入组820例进行过PD-L1表达检测的肺腺癌患者,采用FoundationOne® Assay对其进行全面基因组分析(CGP检测),检测流程见下图2。计算每百兆测序基因的非驱动体细胞突变数,定义为TMB,并将其分为两组:TMB低(低和中等,<=20 mut/Mb)和TMB高(>20 mut/Mb)。

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图1. CGDB数据库:整合自Flatiron临床数据和Foundation Medicine 基因检测数据

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图2. FoundationOne Assay检测流程 

CGDB队列中入组接受免疫治疗的1310例晚期NSCLC患者的临床数据和NGS检测数据,这些患者接受的免疫治疗药物包括帕博利珠单抗、纳武利尤单抗和Atezolizumab。在CGDB数据库中,根据影像学、病理学和临床证据评估患者的肿瘤进展状态。对于接受过多线免疫治疗的患者,根据其第一次接受免疫治疗后的进展情况计算PFS。 

结果

1、CGDB队列中,TMB作为NSCLC免疫治疗的疗效预测标志物

在CGDB队列接受免疫治疗的1310例NSCLC患者中,以TMB作为分层因素,对比TMB高组和TMB低组患者的PFS,结果显示两组存在显著差异,mPFS分别为6.08个月 vs 2.79个月,P<0.0001。

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图3. CGDB队列中,TMB作为NSCLC免疫治疗的疗效预测标志物 

2、根据患者接受免疫治疗的疗效分析TMB特征

根据患者接受免疫治疗的疗效,分为3组:完全缓解/部分缓解(CR/PR)组、疾病稳定(SD)组和疾病进展(PD)组。3组患者的TMB中位值分别为9.57、7.83和6.09 mut/Mb。对3组患者的TMB进行两两比较,CR/PR组对比SD组,TMB无显著差异(P=0.057);CR/PR组对比PD组,TMB有显著差异(P<0.0001);SD组对比PD组,TMB有显著差异(P=0.0031)。8.6%的患者接受了免疫联合化疗或其他靶向治疗。

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图4. 根据接受免疫治疗患者的疗效分析TMB特征 


3、FMI肺腺癌队列中(N=820),不同PD-L1表达水平组间基因特征对比

在FMI肺腺癌队列的820例患者中,PD-L1表达阴性和阳性的患者分别为441例和379例。根据卡方检验对比两组患者的不同基因比较的P值和OR。下图仅标记了错误发生率(FDR)<5%的基因(基于Benjamini & Hochberg principle)和BRAF基因。

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图5. FMI肺腺癌队列中,不同PD-L1表达组患者基因特征对比 

4、CGDB NSCLC患者队列中不同突变状态患者的PFS比较

下图a、b、c、d分别比较了STK11、EGFR、MET、BRAF不同突变状态患者的PFS。结果显示,STK11突变患者对比STK11野生型患者的PFS存在显著差异,mPFS分别为2.46个月 vs 3.12个月,P=0.0089;EGFR突变患者对比EGFR野生型患者的PFS也存在显著差异,mPFS分别为2.4个月 vs 3个月,P=0.0029;MET exon14跳跃突变患者对比MET exon14野生型患者的PFS无差异,mPFS分别为2.7 个月 vs 2.96个月,P=0.86;BRAF突变对比BRAF野生型患者的PFS无差异,mPFS分别为4.6个月 vs 2.936个月,P=0.17。

图6. 不同基因突变状态患者的PFS对比(Kaplan-Meier曲线)

小结

TMB已经成为预测免疫治疗疗效最具统计学意义的基因预测指标。对比免疫治疗后表现为PD的患者,取得CR/PR的患者具有显著更高的TMB。相比于TMB低的患者,高TMB患者具有显著更长的mPFS,提示高TMB与NSCLC接受免疫治疗更好的疗效相关。STK11突变多见于PD-L1表达阴性的患者,且相比于STK11野生型的患者,STK11突变者接受免疫治疗的PFS显著更短。这也与既往报道的研究结果一致,STK11突变与冷肿瘤微环境相关,预示着患者接受免疫治疗后疗效较差。EGFR突变者表现出与STK11突变者相似的现象,多见于PD-L1表达阴性的患者,相比于EGFR野生型患者,接受免疫治疗的疗效更差。此外,EGFR突变还与更低的TMB相关。在人群分析中发现,MET exon14剪接点突变的患者多见于PD-L1高表达人群;然而,MET exon14突变者接受免疫治疗并没有显示出显著更好的疗效。BRAF活化突变者,多见于PD-L1表达阳性者,这类患者接受免疫治疗的mPFS更长,后续需要进行更多的研究评估这类患者接受免疫治疗是否能够获益。这一研究采用真实世界的临床基因数据库,整合了患者CGP检测结果和接受免疫治疗的疗效,可以让我们验证既往已知的研究结果,并探寻可能预测免疫治疗耐药或敏感性的新型基因标志物。

点评

近年来,免疫治疗在NSCLC中大放异彩,已经获批用于晚期NSCLC一线或二线治疗。然而,免疫治疗的总体有效率相对较低,亟需探寻潜在的疗效预测标志物。研究提示,TMB和一些驱动基因突变状态与免疫治疗疗效相关。在上述研究中,研究者分析了真实世界临床实践中接受免疫治疗的NSCLC队列,并将患者CGP检测的结果与免疫治疗疗效进行关联,探寻基因层面上可能预测免疫治疗疗效的指标。与既往报道结果一致,TMB高的患者对比TMB低的患者,免疫治疗的疗效更优;STK11突变和EGFR突变患者,相比于野生型患者免疫治疗疗效更差。后续,尚需进行更多研究,进一步评估癌症相关基因在免疫治疗疗效上的预测价值。此外,随着越来越多潜在疗效预测标志物的出现,我们需要明确标志物组合在免疫治疗疗效上的预测价值,以期实现精准免疫治疗。

参考文献

Identification of genomic markers of sensitivity and resistance to checkpoint inhibitors in non-small cell lung cancer in a real world clinico-genomic database. 2018 ESMO, 1411P.                   

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