2021-12-16
B.1.1.529 变异株一经发现引起全球重视,WHO 2天后召开紧急会议将其命名为Omicron。
图源@WHO
对于新型变异株,大家关心的无非两个方面:传染性和致病性。
但由于发现时间短,病例少,相关研究数据缺乏,目前也只是止于突变位点带来的危害的猜测而已。Omicron的传染性很可能在 Delta之上,且从目前的病例看,症状可能要比 Delta轻。
先说传染性方面
Omicron之所以引发关注,源于其是迄今为止变异程度最高的毒株,该病毒总共发生至少 50个变异,其中,有 32个发生在刺突(S)蛋白上https://nextstrain.org/ncov/gisaid/africa?branchLabel=emerging_lineage&d=tree,entropy,frequencies&dmin=2021-03-23&f_clade_membership=21K%20%28Omicron%29&gmax=15294&gmin=14735&label=clade:21K%20%28Omicron%29&p=full" data-tooltip-preset="white" data-tooltip-classname="ztext-referene-tooltip" style="color: #3f3f3f;caret-color: red;">[1]:
Omicron突变位点分布图(部分) 图源@nextstrain
S蛋白突变数是 Delta变异株的两倍,也目前突变株中 S蛋白突变数最多的。
Delta与 Omicron S蛋白变异对比图
图源@意大利罗马儿童医院科研团队
Omicron上的 50个突变位点汇总 图源@英国公共卫生部
除了变异数量上的翻倍骤增,目前 Omicron都有哪些威胁性变异呢?
图源 @英国《每日邮报》
① 与 Delta和 Alpha突变株有多处重合,因此 Omicron可能有复制能力增强。
与 Delta和 Alpha突变株有多处重合
② 尤其是它的弗林切割位点附近有P681H+H655Y+N679K突变,可能增强病毒复制能力和传染性。
③ RBD(受体结合域)具有 11个突变,是 RBD突变最多的突变株,很可能产生免疫逃逸(待研究),影响抗体识别(单抗药物受影响)和疫苗接种。对小分子抗病毒药物和检测几乎无影响。
除此以外,N蛋白上具有 R203K/G204R,有助于增加毒株的传播和毒力。
此前,《Cell Host&Microbe》发表了相关研究https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(21)00511-4" data-tooltip-preset="white" data-tooltip-classname="ztext-referene-tooltip">[2]显示:新冠上的一个 N蛋白突变 R203K/G204R相比突变前更具有复制优势,在人肺细胞和仓鼠中的传染性增加。
而在新冠患者中,203K/204R与新冠重症呈现相关性。
因此,203K/204R突变有助于增加新冠变异株的传播和毒力。
R203K/G204R对疾病严重程度的影响
NSP6上的缺失△105-107,可能会导致变异株的传染性增加(待研究)。
NSP6蛋白是新冠的一种由螺旋结构组成的跨膜蛋白,一些区域(91-112)位于膜外,与宿主蛋白存在重要的相互作用https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.06.451329v1.full" data-tooltip-preset="white" data-tooltip-classname="ztext-referene-tooltip">[3]。
如果光从目前的突变位点上看,Omicron确实在传播上是个“王炸”,甚至拥有 Delta两倍以上的传染力。
图源@南非卫生部
但需要强调的是,变异数量多并不意味着情况会严重,如果是有益变异,会扼制传播或减轻病症,还有更多的无关变异。
如果是有害变异,无非也是 2方面:是否加速了传播,或加重了病情,其中包括免疫逃逸机制的出现。
但很明显,B.1.1.529突变的方向更多倾向于传播方面。
症状和死亡方面目前证据不多,但有迹可循。
第一位发现 Omicron变异株的南非医生 Dr. Angelique Coetzee(执业 30年且也是南非医学会主席)表示——此变种病毒在数十位病患身上所产生的症状不寻常但很轻微,大多数都是年轻人,且约半数未施打疫苗。因此她也担忧此变异株对于年长且未施打疫苗者会造成严重症状。
Dr. Angelique Coetzee接受俄罗斯卫星通讯社采访
所有确诊者症状轻微,比如——肌肉酸痛、连续好几天的疲劳或不舒服、无咳嗽或轻微咳嗽、并未丧失嗅觉与味觉。
这些症状和 Delta区别还是挺大的,尤其是无咳嗽(轻微)和未丧失嗅觉与味觉。
但这个说法目前也只是基于南非的数十个确诊(年轻人)而言,老年人的情况如何?还无法判断。
另外,有约半数未打疫苗,一方面说明 Omicron变异株是存在突破感染的,另一方面疫苗的作用很难在数十位患者身上得到体现。
需要注意的是,Omicron变异株在传染力上确实是出色的。如下图,Omicron在南非短短 10天的斜率远超以往的 Beta和 Delta——
图源@南非卫生部
图源@金融时报
B.1.1.529变异株 11日发现于博茨瓦纳,继而在南非检出诸多病例,目前已波及至少 10国。
另外,13日南非返中国香港 1例,目前因交叉感染,共有 3例。
南非、博茨瓦纳提交的Omicron数据
发育树 图源@nextstrain
对于传播力如此强的变异株,限制入境是放缓毒株传播的有效途径。
英国卫生部最先宣布从 26日起,将南非等 6国加入红色名单,暂停所有的直航航班。南非、博茨瓦纳、莱索托、斯威士兰、津巴布韦、纳米比亚。随后, 德国、西班牙、法国、加拿大、瑞士、土耳其、新加坡、菲律宾等也纷纷跟进。
自从 WHO将其命名为 后,美国也宣布将从 29日起对 8个非洲国家实行入境限制(什么事都得过了周末再说~)。
南非、博茨瓦纳、津巴布韦、纳米比亚、莱索托、斯威士兰、莫桑比克、马拉维。
日本更是宣布 30日起禁止所有海外旅客入境。
图源@金融时报
我很久之前就提醒过——无论印度美英如何养蛊,非洲都是一个不容忽视的地方,那里不只是艾滋病人多,加上新冠检测率很低,疫苗不平衡等因素,更容易养出“蛊王”来。
比如——
伦敦大学遗传学研究所所长巴洛克斯分析说:Omicron的出现可能是新冠针对免疫系统较弱或未获治疗的艾滋病患者进行攻击,从而在慢性感染期内突变演化而来。
而网传美专家称 Omicron可能增强了 500%的感染力,我没看到相关研究,多半只是猜测。
但 Omicron的传播性可能是 Delta变异株的 2倍以上,至少在传播性增强方面可能性是最大的。
目前只希望 Omicron不要在世界范围内传播开来,一旦传播开来,这两年来取得的新冠疫苗(尤其是单抗)和药物成果可能会大打折扣。
既然香港已经出现,我觉得对于一个未知的“王炸”,限制入境无可厚非,国内最好也做好严格防范。
[1]^Genomic epidemiology of novel coronavirus - Africa-focused subsampling
https://nextstrain.org/ncov/gisaid/africabranchLabel=emerging_lineage&d=tree,entropy,frequencies&dmin=20210323&f_clade_membership=21K%20%28Omicron%29&gmax=15294&gmin=14735&label=clade:21K%20%28Omicron%29&p=full
[2]^Nucleocapsid mutations R203K/G204R increase the infectivity, fitness, and virulence of SARS-CoV-2
https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(21)00511-4
[3]^Investigating the conformational dynamics of SARS-CoV-2 NSP6 protein with emphasis on non-transmembrane 91-112 & 231-290 regions
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.06.451329v1.full
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