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统计作图攻略之GraphPad Prism

科研基金

2020-05-29   

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上一期我们介绍了如何使用Excel进行统计作图,本期内容我们将和大家一起分享GraphPad Prism软件,以及如何使用该软件进行统计作图。

一、Graphpad Prism软件简介

Graphpad Prism 是一款集数据统计分析、曲线拟合和作图等本领于一身的数据处理或分析软件,并能将 3 者紧密结合。使用该软件可直接输入原始数据,也可以输入经过初步统计的数据,然后自动进行基本的统计分析(如 t 检验、卡方检验、生存分析等),并根据需要进行统计图表的制作。虽然其数据分析与统计功能没有专业的统计软件(如 SAS、SPSS 等)强大,但其使用起来操作简单,图表绘制颇具特色,因此一直深受研究者的喜爱。

二、Graphpad Prism软件的功能

双击打开Graphpad Prism软件,就可进入该软件的功能界面,如果我们想选择统计学方法,就可通过界面左边的按钮进行选择,这里我们主要介绍作图功能。Graphpad Prism软件(以Prism 5.01 版本为例)提供了 5 类图(表)类型:(1)XY 图表:可用于线性或非线性回归分析。(2)Column 图表:主要在进行单因素变量研究时使用。(3)Grouped 图表:主要在进行双因素变量分析中使用。(4)Contingency 图表:即列联表,常用于临床实验的药物研究。(5)生存曲线:适用于实验动物、细胞的存活率分析。

三、如何使用Graphpad Prism软件进行作图

打开软件后,我们可根据实验设计选择一个合适的图表类型,双击后,软件会列出可以分析的研究因素以及最后生成的图形样式。比如在进行抗血管生成药治疗老年黄斑变性研究的单因素分析中,在表格中输入相应的数据后,点点击 Graph 按钮,即可自动生成图表,同时软件还会将标准误自动标识在图上。双击图形,软件会弹出格式修改框,我们可以对图形的样式、线条颜色和粗细、标准误颜色进行设置,此外,我们还可以对图片周围文字的大小和颜色等进行设置,其具体操作跟 word差不多。

以生存曲线为例,我们在制作生存曲线时,首先在Prism软件中选择survival,然后选择第一或第四个图。随后在Show result as中选择“Fractions”(纵坐标是从 0~1),或选择“Percents”(纵坐标是 0~100)。 点击 create,即可进入生存数据录入的步骤。数据录入完成后,就可以直接点左侧 Graphs 的Data1,到这一步我们就得到了最初的生存曲线。但目前的曲线不能直接用(不符合论文统计图要求,生存曲线需要 Y 轴的最高点是 1 或 100%),需要对最初的生存曲线进行编辑和美化后方可使用(这里就不详细介绍了)。在生存曲线绘制完成后,首先选择上方一排中的工具栏,找到其中的导出(export)工具,显示出导出窗口,最后输出生存曲线(依照不同的目的选择图形格式等)。

除了进行统计分析和统计图表和图形的绘制功能外,Graphpad Prism还可以对图形曲线进行拟合,并且能以多种格式输出图表。

总而言之,Graphpad prism软件的数据分析和作图软件功能强大,使用起来简单方便。我们还可以随时对图表进行修改,大大提高了我们的工作效率,是我们常用的统计分析和作图软件之一。

 


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