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国自然热点:类器官的10种研究思路(上篇)

资助成果

2022-10-27   来源 : 学术查

2010 0



如果你想调侃一个产出还不错的科研人员,说他“发了一些灌水的文章”,会很有杀伤力。

“灌水”是所有科研人员都不得不接受的一个现实,它并不是低层次科研人员的专属,即便大牛乃至院士,也有灌水的时候。说灌水这个词,有一个层面的意思是这个人员发了一些成果,但研究意义没有那么大或者工作做的没有那么深入。因此,怎么“体面的灌水”成了核心问题,一个最好的解决办法是把文章层次发的很高。那么,存在文章发的层次很高,但工作又相对简单的事情吗?

答案是存在的!

类器官和单细胞测序的组合就是一个简易方法,就是费用略高,材料费动辄二三十万起,但影响因子一般10分以上,划算与否不做讨论。

今天分享十篇类器官(大部分研究结合了单细胞测序)相关研究,供奋斗在基金申请和发文章缺乏思路的老师借鉴。


1. Cone photoreceptors in human stem cell-derived retinal organoids demonstrate intrinsic light responses that mimic those of primate fovea

Cell Stem Cell(IF 20.86)

Pub Date: 2022-03-03

摘要:中心凹锥死亡是许多视网膜营养不良(包括黄斑退行性疾病)中枢失明的最终原因。源自人类多能干细胞 (hPSC) 的 3D 视网膜类器官 (RO) 对建模和治疗此类疾病具有巨大的前景。为了实现这一目标,RO 锥体应引起类似于成人中心凹锥体的稳健和内在的光诱发电响应(即光转导),这尚未得到证实。在这里,文章展示了来自 RO 锥体的强烈、分级、重复和特定波长的光诱发响应。这些实验室生成的视锥细胞中有很大一部分的光响应和膜生理学与完整的离体灵长类动物中心凹相当。

全文链接:

https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(22)00002-9?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS1934590922000029%3Fshowall%3Dtrue


2. Lineage recording in human cerebral organoids

Nat Methods(IF 30.822)

Pub Date: 2022-01-03

摘要:诱导多能干细胞 (iPSC) 衍生的类器官为研究人体器官发育提供了模型。单细胞转录组学能够对这些系统中的细胞状态进行高度解析。在这里,作者建立了 iTracer,这是一种谱系记录仪,将单细胞和空间转录组学兼容。应用 iTracer 探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动力学,并确定祖神经元家族之间神经源性动力学的变化。结合基因扰动 (iTracer-perturb) 并评估TSC2 突变对大脑类器官发育的影响。

iTracer 双通道谱系记录仪揭示了人类大脑类器官中细胞命运

a,用于谱系记录的 iTracer 睡美人矢量示意图。b,通过多西环素 (dox) 诱导 Cas9 在类器官发育的不同时间点诱导瘢痕形成。c,UMAP嵌入来自12个大脑的44,275个细胞的scRNA-seq数据使用 CSS16 进行数据集成后的类器官。d,点图显示了在类器官中观察到的标记簇的基因表达。e,堆叠条形图显示检测到 iTracer 报告基因的细胞数量。f,堆积条形图,显示由插入(浅灰色)、缺失(深灰色)或两者产生的疤痕数量。g,热图显示共享的相对比例转录组簇之间的条形码。

全文链接:https://www.nature.com/articles/s41592-021-01344-8.pdf


3. Mapping the temporal and spatial dynamics of the human endometrium in vivo and in vitro

Nat Genet(IF 27.603

Pub Date: 2021-12-02

摘要:子宫内膜是子宫的黏膜内层,在整个月经周期中响应卵巢激素而发生动态变化。通过生成人类子宫和三维子宫内膜类器官培养物的密集单细胞和空间参考图。文章剖析了决定管腔和腺体微环境中上皮谱系细胞命运的信号通路。对子宫内膜类器官的基准揭示了在体内和体外调节分泌和纤毛谱系分化的途径和细胞状态。WNT 或 NOTCH 通路的体外下调分别增加了沿分泌和纤毛谱系的分化效率。利用细胞图解来自子宫内膜癌和子宫内膜异位病变的大量数据,阐明在这些疾病中占主导地位的细胞类型。

全文链接:https://www.nature.com/articles/s41588-021-00972-2.pdf


4. Co-emergence of cardiac and gut tissues promotes cardiomyocyte maturation within human iPSC-derived organoids

Cell Stem Cell(IF 20.86)

Pub Date: 2021-12-02

摘要:在胚胎发生过程中,临近的组织之间的旁分泌信号有助于确定它们各自的细胞命运并发育成功能器官。类器官是模拟器官形成和细胞异质性的体外模型,但缺乏周围组织的旁分泌输入。在这里,作者描述了一种人类多向 iPSC 衍生的类器官,它概括了心脏和肠道的协同发育和成熟,在两种组织中都具有广泛的细胞和结构复杂性。证明类器官中内胚层组织(肠道/肠)的存在有助于心脏组织特征的发育,这些特征是心管形成后阶段的特征,包括心肌细胞扩张、区室化、心房/结节细胞富集、心肌压实和胎儿- 功能成熟。

全文链接:

https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(21)00455-0?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS1934590921004550%3Fshowall%3Dtrue


5. Functional human gastrointestinal organoids can be engineered from three primary germ layers derived separately from pluripotent stem cells

Cell Stem Cell(IF 20.86)

Pub Date: 2022-01-06

摘要:人类类器官模型系统缺乏重要的细胞类型,这些细胞类型在胚胎中在发育过程中被整合到器官组织中。文章中开发了一种类器官组装方法,从三个主要胚层(肠神经胶质、间充质和上皮前体)的细胞开始,这些细胞分别来自人类多能干细胞 (iPSC)。从这三种细胞类型中,作者生成了含有分化腺体的人胃窦和胃底组织,这些腺体被含有功能性肠神经元的平滑肌层包围,这些神经元控制工程化胃窦组织的收缩。使用这个实验系统,揭示了人类肠神经嵴细胞 (ENCCs) 促进间充质发育和胃窦类器官的腺体形态发生。而且,ENCC 可以直接作用于前肠以促进后部命运,从而产生具有十二指肠腺表型的类器官。

全文链接:https://www.cell.com/cell-stem-cell/pdf/S1934-5909(21)00435-5.pdf

2021年度国自然医学部国自32大科研热点的中标数统计如下:

2022热点

2021年医学部总中标数

2022热点

2021年医学部总中标数

免疫调控

852

细胞焦亡

118

血管生成、重构

531

代谢重编程

118

线粒体

485

单细胞测序

105

外泌体

430

DNA甲基化

97

miRNA

413

组蛋白修饰

80

干细胞

371

内质网

76

lncRNA

371

炎性小体

76

细胞自噬

358

中性粒细胞诱捕网

67

肠道菌群

312

糖酵解

55

circRNA

287

氧化应激

46

m6A、m5C、m7G

270

类器官

46

铁死亡

257

超级增强子

25

转录调控

232

精氨酸甲基化

25

缺氧、低氧

211

相分离

21

泛素化

186

乳酸化修饰

21

乙酰化

135

迁移体



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