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公共数据库提取及分析全流程(实操篇)

调研提现

2023-08-14      

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数据库的研究分为传统数据库研究和公共数据库研究。传统数据库研究往往需要手动的去录取数据,建立数据库并且需要去处理数据库,其花费的时间往往较长,且数据的质量参差不齐;而基于公共数据库的大数据科研模型则能很好的弥补这些不足,因此我们应该更多的去尝试基于公共数据库的挖掘和研究。


传统数据库研究 v
s.
公共数据库研究


公共数据库研究分为公共数据库临床研究和公共数据库基础研究,本期,我们将聚焦公共数据库临床研究


常用的公共数据库:NCDB、SEER、SEER-Medicare等


1、NCDB数据库:患者数量最大,研究条目齐全,其研究的结局变量仅为总生存期,申请有一定的要求且申请的时间往往较长(一般需3-4个月);


2、SEER数据库:患者数量与NCDB有比较大的差距,但胜在可以免费获取,其研究的条目是与NCDB相近;


3、SEER-Medicare数据库: NCDB和SEER数据库当中均缺少对于药物的种类以及药物的使用情况等相关的信息,而SEER-Medicare数据库则能很好的弥补这一缺陷,但该数据库的患者大于60岁以上,申请是收费的,且需要提交Protocol;


这几个数据库各有自己的特色,我们可以根据实际的情况进行选择,但SEER无疑是其中性价比最高的公共数据库。



【SEER数据库的申请】



SEER数据库的申请和提取步骤:


第一步:申请帐号



第二步:注册、案装软件



第三步:提取数据(1)


提取数据(2)


第四步:下载数据



陈启晨老师在《真实世界研究方法训练营》中对上述流程的介绍:






【NCDB数据库的申请】



NCDB数据库相对来说
较难获取,需要满足以下条件:





陈启晨老师介绍NCDB数据库的申请条件:





SEER-Medicare数据库的申请



  • SEER是由NCI开发的用于等级肿瘤发生及患者基本信息和生存信息的数据

  • Medicare保险计划为美国为65岁以上人口或患有特殊疾病患者提供的保险医疗项目覆盖97%的适龄人口

  • 将SEER与Medicare链接后提供了中老年肿瘤患者的详细信息,适合进行长期的流行病学和肿瘤预后研究




基于SEER-Medicare数据库的临床研究成功发表JAMA





基于SEER-Medicare数据库的临床研究成功发表JCO





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真实世界研究方法实操训练营
















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