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sequencing cells of the immune TME 达芬奇密码

临床医学

1970-01-01      

1574 0
来源:肺癌前沿

1.jpg

Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing

2.jpg在第一项来自北京大学基因组学高级创新中心,北京大学生命科学学院研究团队的研究中,对来自14名非小细胞肺癌(NSCLC)患者的12,346 T细胞进行了单细胞RNA测序。

“通过描绘这些患者的综合T细胞景观,我们的研究揭示了TME中T细胞的异质性,包括存在两个先前未对其表征进行详细描述的CD8 + T细胞亚群- pre-exhausted CD8+ T cell subsets,” Zemin Zhang解释说。 “我们还揭示了pre-exhausted CD8+ T cell subsets的T细胞与功能失调或exhausted的T细胞之间的谱系转换。”重要的是,pre-exhausted T细胞与疲惫的T细胞的高比率与癌症中有利的患者结果相关。

T(Treg)细胞的某些特定基因标记(TNFRSF9的双峰分布)预示着不良预后。 “pre-exhausted T细胞亚群的发现不仅可能为肺癌亚型和预后提供新的途径,而且还为免疫治疗提供新的细胞和分子靶点,”

 Guo, X. et al. Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing. Nat. Med. https://doi.org/10.1038/s41591-018-0045-3


Single-cell profiling of breast cancer T cells
reveals a tissue-resident memory subset
Associated with improved prognosis 

3.jpg第二项研究涉及从乳腺癌中分析T细胞,包括对123名女性(129个样本)的肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)进行多参数流式细胞术分析,对来自2名患有三阴性乳腺癌(TNBC)的女性的6,311T细胞进行单细胞RNA测序。既往数据提示高TIL密度与良好的乳腺癌预后相关,特别是在TNBC或HER2 +环境中;然而,新数据表明TIL群体的质量差异也很重要。 “我们表明,包含tissue resident memory T (TRM) cells的特定CD8 + T细胞亚群的存在与良好的预后相关,这表明该T细胞亚群反映了真正的肿瘤特异性免疫,” Sherene Loi总结道。

TRM细胞表达高水平的免疫检查点蛋白(PD-1,TIM3,LAG3,TIGIT和CTLA-4)和细胞毒性因子(颗粒酶B和穿孔素)。此外,一小部分TRM样细胞显示出增殖迹象,提示有效的抗肿瘤反应。

因此,TRM细胞亚群不仅是预后因子,对于通常对免疫检查点抑制反应不佳的TNBC 来说可能是新的治疗靶标

Savas, P. et al. Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis.
Nat. Med. https://doi.org/10.1038/s41591-018- 0078-7 (2018) | 

A natural killer-dendritic cell axis defines
checkpoint therapy–responsive tumor
microenvironments 

在第三项研究中,黑色素瘤TME中BDCA3 + stimulatory dendritic cells(SDCs)的丰度与肿瘤周围TIL密度和对ICI的响应呈正相关。 使用最大径肿瘤组织RNA测序,作者发现SDC丰度由TME中自然杀伤(NK)细胞依赖性FLT3LG的产生所决定。 “我们研究结果的一个关键细节是尽管ICI主要针对T细胞,但其他细胞类型,包括作用于T细胞上游的NK细胞和SDC,可预测患者的反应,”领导这项研究的Matthew Krummel说。 “我们的研究结果以及其他论文中报道的结果产生了一个有趣的假设,即TME中的SDCs和NK细胞可能是重新激活TRM细胞或耗尽T细胞的重要参与者; 我们通过新的途径来增加TME中NK细胞的数量和活化状态将对免疫检查点抑制剂治疗产生积极的影响,“他总结道。

Barry, K. C. et al. A natural killer-dendritic cell axis defines checkpoint therapy– responsive tumor microenvironments. Nat. Med. https://doi.org/10.1038/s41591-018-0085-8 (2018)



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