医微客 - 印度突变株B.1.617，传染性增强50%，半年内已扩散至数十个国家

印度突变株B.1.617，传染性增强50%，半年内已扩散至数十个国家

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2021-06-09

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新冠病毒变异株B.1.617，于2020年末首次在印度被发现，因此也叫做印度突变株。该突变株被发现后，迅速扩散到包括美国、新加坡、英国在内的几十个国家，并有在这些国家的部分地区成为主要流行株的趋势。并且，在此次广州疫情中，也已检测到B.1.617变异株。

目前已经鉴定出的B.1.617变异株有三种亚型：B.1.617.1（即“最早的”B.1.617）、B.1.617.2及B.1.617.3。

S基因检测以及对英国病毒样本更加详细的测序数据显示，B.1.617.2打败了B.1.617的其他两个亚型，并有取代B.1.1.7之势，成为推动英国新一波疫情的最常见流行株（B.1.1.7，2020年末在英国东南部发现的一种变异株）。英国莱斯特皇家医院顾问病毒学家 Julian Tang 认为，B.1.617.2变异株携带了名为452R和478K的突变，这两种突变都与传染性增加有关，都能改变新冠病毒用来入侵人类细胞的刺突蛋白。

一项对英国测序数据的分析显示，B.1.617.2感染病例每天的增加速度可能比B.1.1.7还快13%。5月12日发表的一份研究报告则显示，根据现有数据，B.1.617.2的传染性比B.1.1.7强50%，堪称目前最强突变株。

新冠突变的梳理：

● D614G ，2020年2月被发现，2020年6月大流行。

● B.1.1.207，2020年8月在非洲尼日利亚被发现，这种突变株的传播能力没有明显提高。

● 501Y.V2/B.1.351，即南非突变，2020年10月被发现，其刺突蛋白上有8个突变，传播能力极强，很快大流行，甚至这种突变对辉瑞和Moderna疫苗中和性增强了20~40倍。好消息是国产重组蛋白亚单位新冠疫苗（智飞生物与中科院微生物所研制）和批准上市的国产灭活新冠疫苗（北京生物制品研究所）对南非新变种仍有保护效果。

● B.1.1.7（501Y . V1），2020年10月被发现，并在不到三个月的时间内在伦敦和英格兰东南部占主导地位。随后的建模工作估计，B.1.1.7的传播率提高了约50％，这可能会使一个被感染者将病毒传播的平均人数介于0.4和0.7之间。1.7万病例分析显示B.1.1.7突变株使死亡风险增加了61%。截至2021年1月11日，已在49个国家检测到B.1.1.7突变，包括欧洲、亚洲和美洲的许多国家。B.1.1.7突变株可以被疫苗诱导的抗体中和。

● B.1.429，2020年11月在美国被发现，该突变株由五种不同的突变组成，其中三种（S13I, W152C, L452R）在病毒的S蛋白中。2021年2月底，该突变株的比例已经占到了惊人的48%，并已在至少超过40个州及20个国家发现。452R突变对中和抗体的敏感性至少降低了4倍。

● B.1.526，在纽约被发现，它占科学家共享的数据库中出现的病毒序列的大约四分之一。

● P.1及P.2，2021年1月被发现，并被确认为免疫逃逸突变株。高达60%患者可被P.1第二次感染（尚未正式发表的初步数据）。P.1和P.2抗辉瑞和Moderna疫苗疫苗中和性增强了5~7倍。令人欣慰的是，3月11日外媒报道，中国科兴的新冠疫苗对P.1及P.2突变株新冠病毒初步有效。

● B.1.617，即印度突变株，2020年末被首次发现，随后很快大流行，并有趋势成为主要流行株。

印度突变株

病毒突变，免疫逃逸，在学术界是司空见惯的问题。当病毒感染细胞时，在被感染细胞内表达一系列病毒蛋白，它们的蛋白质被Ⅰ类人类白细胞抗原（HLA-I）加工并呈现在宿主细胞表面。宿主细胞表面的这一组合（HLA-I+peptide）被生物体循环中的细胞毒性T细胞（CTL）识别（结合到TCR），CTL启动免疫反应，从而清除被感染细胞。因此，研究SARS-CoV-2衍生的HLA-I肽序列将有助于识别与细胞毒性T细胞活化有关的病毒表位，继而为抗病毒治疗研究、疫苗研究，提供一些新的思考。

2021年5月27日，Cell 期刊在线发表麻省理工学院和哈佛大学Broad研究所 Pardis Sabeti 团队的题为：Profiling SARS-CoV-2 HLA-I peptidome reveals T cell epitopes from out-of-frame ORFs 的研究论文。

该论文表明，SARS-CoV-2感染后，有大约25% SARS-CoV-2 HLA-I 肽组提呈的均为非经典ORF之外的抗原肽，并提示面对突变株，在下一代疫苗中，把T细胞抗原肽整合到设计中，有希望能够长效保护。

因为早期研究主要关注在结构蛋白上，而目前的无论是感染后的检查还是疫苗设计，相当于直接把这1/4重要来源的抗原肽都排除了。作者希望其研究结论有助于疫苗的进一步更新迭代。

印度突变株

被提呈的多种抗原肽来自于非经典ORFs

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